A század közepére Prága teljesen átalakult. A 18. századi városra már csak a dicső múlt árnyéka vetült, de a 19. század első harmadától már egy új korszak kezdődött, Prága a modern cseh nemzeti mozgalom központja lett. A korszakhatárt talán a legjobban az 1835-ös utolsó cseh királykoronázás és az 1848-as szláv kongresszus és 1871, a meghiúsult cseh kiegyezési kísérlet jelzi. A politikai céljait egyre határozottabban argumentáló cseh politika Bécsben is egyre komolyabb befolyást szerzett, a dualizmus korszakában pedig Prága fejlesztésével egyszerre igyekezett kifejezni a cseh tartományok történeti hagyományait és szláv, cseh nemzeti jellegét.
Az alapokból induló cseh nemzeti mozgalom a negyvenes évekre kiteljesedő sikeres kulturális szakasza után, amikor a kodifikált irodalmi nyelven megszülettek a nemzeti romantika szépirodalmának emblematikus művei, kiépült a cseh tudományosság, az egyletek szervezete, megalapították a nemzeti művelődés intézményeit, 1848-ban fogalmazta meg markánsan politikai programját.
Bár az az abszolutizmussal szemben is felléptek, a prágai Szent Vencel Fürdőben (Svatováclavské lázně) megalakított Nemzeti Bizottság forradalmi jelszavakat hangoztató petíciót is megfogalmazott, mégis a frankfurti Vorparlament adott lendületet a német és a cseh közéletnek. Csehország és Prága német lakosságának figyelme a német egységállam létrehozása felé fordult, a csehek viszont a tartománygyűlés elnöke, a cseh nemzet történetéről elsőként modern történeti munkát író (A cseh nemzet története Csehországban, Morvaországban és Sziléziában) történész, František Palacký álláspontjával azonosultak, aki Frankfurtba címzett híres levelében kitartott amellett, hogy a cseh tartományok, szláv, cseh jellegük okán nem lehetnek tagjai egy nemzeti alapon formálódó német egységállamnak.

A német egységmozgalomra adott reakcióként 1848. június 2-án Prágában összeült a szláv kongresszus, amelyen Habsburg birodalom szláv nemzeteinek politikai törekvéseit hangolták össze. Prága ezzel az elkövetkezendő több, mint fél évszázadra a birodalom szláv politikai életének központjává vált. Cseh nemzeti központtá formálódásának lendületére pedig a kongresszushoz kapcsolódó pünkösdhétfői szentmise utalt. Helyszínéül nem véletlenül választották Szent Vencel lovasszobrát, Johann Georg Bendl barokk alkotását. Az 1650-ben, a cseh állam patrónusáról készült szobornál az egykori Lóvásártéren (Koňský trh), amit 1848 márciusában, a cseh nemzeti mozgalom jeles vezetője, Karel Havlíček Borovský javaslatára Vencel térnek neveztek át, a cseh nyelv fejlesztésének támogatója, a nemzeti romantika jeles alakjának, Karel Jaromír Erbennek mecénása és a 19. század első felében a cseh nyelvű művelődés egyik legfőbb szervezete, a prágai cseh társaskör a Měšťanská beseda egyik alapítója, Jan Arnold celebrálta a Szent Vencel misét. Ezt már zavargás, fegyveres összecsapás, majd Windischgrätz kihírdette rendkívül állapot követte.

A szláv kongresszus megalkotta a közös szláv szimbólumokat, a himnusz a szlovák Samuel Tomášik Hej Slované (Hej, Szlávok!) című verse, a zászló pedig a francia nemzeti színekből alkotott trikolór lett. Politikai programot is hirdetett, a Palacký által kidolgozott ausztroszláv elképzelést. Ez az etnikai föderalizmus mentén fogalmazta meg a Habsburg birodalom föderatív reformját, Bécs központtal a birodalom fő nemzeteinek nemzeti tartományai szövetségére alapozva. Ebben a tervezetben jelent meg elsőként a csehek és a szlovákok lakta területek egyesítése, egy csehszláv egység kialakítása. A nagyhatalmi keretül szolgáló Ausztriát a tervezet a kis nemzeteinek védelmezőjeként látta. Palacký ekkori híres megállapítása is: „Ha Ausztria nem lenne, ki kéne találni” a birodalom nagyhatalmi védelmezőszerepét hangsúlyozta a szlávok, elsősorban a csehek számára a német birodalmi törekvésekkel és az orosz birodalommal szemben.
Az ausztroszlávizmus ezután egészen az 1867-es osztrák-magyar kiegyezésig, a Habsburg birodalom történeti jogi reformjáig a cseh politika legfontosabb programja maradt. Az ún. ócseh párt csak 1867 után hivatkozott a cseh tartományok, elsősorban Csehország, a Cseh Királyság történeti jogaira. Tűzte ki célul, hogy a szintén 1526-ban a Habsburg államszervezet részévé vált cseh állam is kapja vissza történeti jogait. A követelések kezdetben egy trialista rendezést céloztak, de a konkrét tervezet már egy, a Monarchia magyarországi felén létrejött magyar-horvát kiegyezéshez hasonló szubdualizmus, ausztriai dualista rendszer kiépítését jelentette volna.
A Hohenwarth kormány 1871-ben kezdte meg a cseh kiegyezés előkészítését, a Monarchia ausztriai felének dualista átalakítását. A kiegyezést és az uralkodó cseh királlyá koronázását előkészítő dokumentumokat fundamentális cikkelyeknek nevezték. Ezek alapján a cseh politika elismerte volna az osztrák-magyar kiegyezést, a Cseh Királyság irányítását tartományi kormány vette volna át, a tartománygyűlés hatáskörét pedig kiterjesztették volna. A közös ügyekben az ausztriai tartományok hivatalai jártak volna el. A cseh egyezési kísérlet a német és a magyar tiltakozás, a szláv befolyás növekedése miatt érzett aggodalom következtében elbukott.
A kiegyezési kísérlet bukása után egymást követték a kormányellenes, államjogi demonstrációk. 1867 augusztusában a cseh koronázási ékszereket visszaszállításakor, 1868 májusában a Nemzeti Színház alapkőletételekor. A Nemzeti Színház alapjába a legfontosabb cseh emlékhelyekről hoztak kőtömböket. A legemblematikus helyen, a cseh honalapítás helyén, a Říp-hegyen többezres demonstrációt tartottak az onnan származó alapkő kiemelésekor. A demonstrációkat a huszita hagyományok alapján népi táboroknak nevezték. Ilyenek nemcsak Prágában voltak, hanem vidéken is. Szent Vencel napján, szeptember 28-án mintegy 14 ezren gyűltek össze a husziták első győzelmének emlékhelyén a žižkovi Vítkov-hegyen, október 4-én pankráci táboron már húszezren voltak. Október 11-én, a huszita hadvezér, Jan Žižka halálának évfordulóján tartott demonstrációt követően rendkívüli állapotot hirdettek ki. A cseh politika vezető személyiségei pedig Bécs ellenében Moszkvában és Párizsban kerestek támogatókat.

A kiegyezési kísérletet előkészítő, František Palacký és František Ladislav Rieger vezette ócsehek tiltakozásul rövid időre passzivitásba vonultak. 1874-ben azonban politikai ellenfeleik, az ifjúcsehek saját politikai párt, a Szabadelvű Nemzeti Párt megalapítása mellett döntöttek és 1879-től a cseh politikai élet napirendjének meghatározása az ócsehekkel szemben megszerveződött ifjúcsehekhez került, akik a nemzeti célok elérését (cseh hivatali nyelv bevezetése, a cseh ipar támogatása) tartották a jogkövetelések alapjának. Az arisztokráciára és a nagypolgárságra támaszkodó ócsehekhez képest az ifjúcsehek a társadalom minden rétegéből számíthattak támogatókra, még a Prága melletti Říp-hegy-i régió és a cseh-német nyelvhatár parasztságára is és sok támogatójuk származott a cseh irodalom modern irányzatainak olyan művészei közül is, mint például Vitězslav Hálek és Jan Neruda. Az ifjúcsehek lapjuk, a Národní listy segítségével is nagy befolyással voltak a közvéleményre.
Az ifjúcsehek már a nyolcvanas évek végén megszerezték a társadalom többségének támogatását és az 1891-es birodalmi tanácsi választásokat meg is nyerték. Az ócsehek, a nagypolgárság támogatásával, a prágai városi vezetésben és a tartománygyűlésben azonban még megőrizhették pozíciójukat. 1897-től, a Badeni-féle nyelvi rendezés, az elmaradt cseh nyelvi kiegyezés, a cseh hivatali nyelv bevezetésére tett kísérlet bukása idején kirobban tiltakozások után, Prága vezetése már mindvégig az ifjú csehek kezében volt.
A cseh politika a birodalmi tanácsban is meghatározó szerepbe került, a Karel Kramář által 1908-ban kezdeményezett, de Bosznia annektálása miatt szinte azonnal meg is bukott neoszláv politika a cseh tőkére alapozva a Monarchia és Oroszország szövetségét célozta. A legsikeresebbnek azonban a század elején a Monarchia más szláv nemzetei körében is nagy tekintélynek örvendő Tomáš Garrigue Masaryk, a prágai cseh tannyelvű egyetem professzora és a Realista Párt alapítójának politikája bizonyult, aki a nemzeti célokat szisztematikus, ún. aprómunkával, felvilágosítással kívánta elérni.

A Bach korszakban Prága elvesztette az 1848 tavaszán rövid időre kivívott önállóságát, a közvetlenül a cseh Helytartótanácsnak alárendelt, kiemelt státuszát és az ujonnan létrehozott közigazgatási egység, a prágai kerület része lett. Az alkotmányos korszak kezdete, 1861 azonban visszatérést jelentett az 1848. márciusi állapotokhoz, Prága ismét az akkor létrehozott szabályok alapján kapott választott vezetést.
A választásokon érvényesült a megelőző években megindult dinamikus társadalmi átalakulás hatása. Az ötvenes évek ugyanis a cseh ipar rendkívül gyors fejlődését hozták, amit a cseh polgárság, nagypolgárság megerősödése kísért. Nem hiába nevezték tehát az 1861. márciusi prágai választásokat a csehek Solferinójának. A cseh jelöltek többséget szereztek a városi választásokon és képviselőjük, a városi iparkamara elnöke, a bőrgyáros ifjabb Tomáš Pštross a polgármesteri széket is megszerezte.
Az ötvenes években az ipari forradalom teljesen átalakította a város és egész Csehország társadalmát. A korábban egyeduralkodó textílipar helyét fokozatosan a gépgyártás vette át, de az építőipar, az élelmiszeripar (malmok, cukorgyárak, sörgyárak) is jelentőssé vált. Az első gépgyár már 1833-ban megindult, a Prága melletti Libeňben, a század közepén azonban már tucatnyi, a hatvanas évek derekán pedig 26 működött. Elsősorban gőzgépeket és cukoripari, mezőgazdasági, malomipari berendezéseket, illetve vasúti gépeket, vagonokat gyártottak. Prága, Bécs után a birodalom második legjelentősebb ipari központja lett.
1861-től a prágai városi hivatalokban a csehek kerültek többségbe. A cseh nyelvet egyenjogúsították a némettel, kétnyelvű hivatalos nyomtatványokat vezettek be, a jegyzőkönyveket pedig a beadvány nyelvén kellett vezetni. 1862-től a prágai elemi iskolák tannyelve a cseh lett, 1869-ben pedig megindult a cseh nyelvű felsőoktatás a Műegyetem kettéosztásával német és cseh tannyelvű részre. Megszületett az első cseh felsőoktatási intézmény, amit 1882-ben a prágai egyetem kettéosztása követett.
1861. január 1-jén megjelent az első cseh nyelvű politikai napilap, a Národní listy. A lapot az akkor még a politikában nem ismert, későbbi ifjúcseh politikus, Julius Grégr alapította, de kezdetben František Palacký és František Ladislav Rieger határozták meg szellemiségét. 1862-ben a német tornaegyleti mozgalom mintájára Miroslav Tyrš és Jindřich Fügner megalakította a Sokol Tornaegyletet, ami a század második felének legnagyobb hatású, a nemzet fizikai és erkölcsi nevelését célul tűző egyleti mozgalmává fejlődött. Sorra alakultak egyletei a cseh városokban, épültek a Sokolovnák, az egylet tornahelyiségei. A cseh katonai terminológia kidolgozása is a század végén egyre inkább ehhez, az ifjúcsehekhez, Grégrhez közeledő egylethez fűződik. A Sokol századfordulóra világhírű lett, a cseh tartományok határain túl, monarchiaszerte, de egész Európában sőt Amerikában is működtek egyletei. Prágában, a Letna fennsíkon rendszeres nemzetközi Sokol találkozókat szerveztek.
A hatvanas évek tehát a cseh nemzeti mozgalom korábban nem is remélt sikereit hozták. Az 1866-os év különösen ünnepi hangulatban kezdődött és senki sem gondolta, hogy egy háborús konfliktus, a kisnémet egységet eredményező porosz-osztrák háború hadieseményei zajlanak majd a cseh területeken.
Az év elején még bemutatták Bedřích Smetana a cseh-német viszonyban kialakult cseh dominanciát ünneplő operáját. A Karel Sabina librettójára írt, a Brandenburgiak Csehországban című mű a cseh nemzeti mozgalom számára kedves áthallásokkal bíró történetet mutat be, a 13. században a Habsburg Rudolf segítségére érkező brandenburgi német megszállók uralma alóli megszabadulást. Az opera az 1861-es változások után, 1862-1863-ban íródott, de bemutatójával megvárták a nemzeti mozgalom emblematikus épületének számító Nemzeti Színház elődjének, az ún. Ideiglenes Színház (Prozatimní divadlo) megnyitását.
A cseh többségű óvárosi Városházán nagy ünnepség keretében ismét beindították a dicső történelmi múltat idéző felújított híres óraművet, az Orlojt. Angol mérnökök tervei alapján pedig felépült a Ferenc József híd, az 1839-1841 között épült I. Ferenc híd után Prága második lánchídja, és vele egyidőben a Rudolf gyaloghíd.
Azt pedig mindenki izgatottan várta, mikor teljesül a császár igérete, hogy cseh királlyá koronáztatja magát az ősi Szent Vitus székesegyházban a prágai várban. De eközben, szinte észrevétlenül a háborús feszültség is egyre nőtt, Prágában több porosz kémet is letartóztattak, a lapok tele lettek poroszellenes élcekkel és karikatúrákkal, a hagyományos májusi Nepomuki Szent János zarándoklatra pedig alig érkeztek vidéki zarándokok. Csak fokozta a riadalmat, hogy nem csak „a nyugdíjas cseh király“ V. Ferdinánd hagyta el a várost, hanem a cseh koronázási ékszereket is Bécsbe szállították.
Az 1866. július 1-jén szabad várossá nyilvánított, szinte teljesen kiürült Prágába a königgrätzi csatában aratott döntő győzelem után, július 8-án vonult be a porosz sereg. Augusztus 3-án maga Vilmos porosz király, Helmuth Moltke és Bismarck is a városba látogatott, sőt a porosz megszállás tömegturizmus első élményét is elhozta Prágába.
Berlinből a cseh politika is kapott ígéretet, a porosz szövetség fejében a cseh tartományok szabad és önálló nemzeti fejlődését támogatását ígérték. A porosz politikai szirénhangokat a berlini emigrácóban élő 48-as forradalmár, Josef Václav Frič és a Fehérhegy utáni exuláns irodalom fontos művére, a Lacrymae Gentis Slavonicaere utaló porosz röpirat, a Cseh Korona könnyei (Pláč Koruny české) közvetítette. Bár a porosz megszállás jelentett bizonyos felszabadulást, a prágai színházak is bemutattak korábban nem engedélyezett darabokat, mint például a cseh himnusz szerzőjének, Josef Kajetán Tylnek Husz János című színműve, a csehek mégis hűségesek maradtak Bécshez. A porosz szállás idején delegáció is utazott Prágából Belcredihez, hogy biztosítsák, nem fog kollaborálni a város a poroszokkal. Anyagi segítséget kérjenek a nem csak a porosz hadsereg elszállásolása, hanem az időközben kitört kolerajárvány miatt is szenvedő városnak.
Végül a békemegállapodást is Prágában írták alá, a Lőportorony melletti a Kék csillaghoz címzett szállodában. A porosz seregek kivonulása és a német egység Ausztria nélküli megvalósulása megkönnyebbülést hozott a cseh közvéleményben.
A polgármester Václav Bělský Lipót rendet kapott érdemeiért. Október 24-e és 31-e között maga Ferenc József is látogatást tett Prágában, az Ideiglenes Színházat is felkereste és a csehek lojalitása felett érzett hálából adományozott a Cseh Királyi Múzeum új épületére és a Nemzeti Színház javára.
Az osztrák-magyar kiegyezés, majd a cseh kiegyezési kísérlet bukása bár széleskörű tiltakozó hullámokat indított el, mégis csekély hatással volt Prága fejlődésére. Sőt a cseh politika irányváltása, a nemzeti mozgalom fokozatos térnyerésére irányuló ún. aprómunka, a Béccsel kialakult vetélkedés és a németekkel szembeni fokozatos térhódítás (a nyelvhatár kitolásának kísérlete, a gazdasági minél inkább cseh jellegűvé tétele) újabb lendületet adott a város fejlődésének. A dualista korszak dinamikus gazdasági fejlődése lehetővé tette, hogy a korábbi évtizedekben a cseh nemzeti mozgalom művelődési központjává, gazdasági és adminisztratív központtá is fejlődött Prága reprezentatív központtá is váljon.
Ezt a rohamos gazdasági fejlődés is megalapozta. Prága elővárosai, Karlín és Smíchov önálló iparvárosokká fejlődtek. Karlínban született a legjelentősebb üzem, Čeněk Daněk 1854-ben alapított gépgyára, a későbbi ČKD (Českomoravská Kolben-Daněk), amely Csehszlovákia létrejötte után, 1921-ben egyesült Emil Kolben 1896-ban alapított prágai gépgyárával, de már a 19. században a Monarchia egyik legnagyobb iparvállalatának, az 1859-ben Emil Škoda alapította plzeňi Škoda Művek egy fontos vetélytársa volt.
Sorra jöttek létre jelentős pénzintézetek is, immár nemzeti alapon. A prágai bankházak a bécsiek riválisává váltak. A hatvanas évek derekán elsőkét alapított zálogintézeteket követően született meg 1868-ban a Monarchia jelentős bankházává fejlődő, kifejezetten a cseh vállalkozások támogatására létrehozott Cseh Iparbank (Živnostenská banka) és ugyanebben az évben – a kiegyezés elleni tiltakozásul moszkvai látogatást tett cseh politikusok kezdeményezésére – a Slavia Biztosítótársaság.
Az 1873-as pénzügyi válságot még kevés cseh pénzintézet élte túl. A hetvenes évek második felében azonban a bankok iránti bizalom megrendülése hatására, új jelenségként megindult a takarékpénztárak alapítása és utolsó nagy prágai alapítású bankházként 1903-ban létrejött a Cseh Takarékpénztárak Központi Bankja (Ústřední banka českých spořitelen). A tízes évek újabb bankalapítási hullámot hoztak, ekkor jött létre az Agrárbank (Agrární banka), a Cseh Ipari Bank (Česká průmyslová banka) és rengeteg egyéb kisebb bank és biztosítótársaság.
A Bankházak a Vencel tér alsó részén, a Nemzeti Múzeummal szembeni telkeken húzták fel reprezentatív székházaikat. Ezt a városrészt hamarosan prágai Wall Streetként emlegették.
A gazdasági sikereket reprezentatív kiállítások is bemutatták. Az első a prágai Iparegylet – az 1885-ös magyar Országos Kiállítás által inspirált – 1891-es Jubileumi Kiállítása volt, a második pedig – a magyarországi Ezredéves Kiállítás ellenpárjaként, a modern csehszlovakizmus első fontos eseményeként – a Csehszláv Néprajzi Kiállítás, 1895-ben. A kiállításoknak a prágai kiállítási negyedben, a Výstavištěben Čeněk Daněk gyára által épített impozáns öntöttvas csarnokok adtak otthont.
Prága lakosságának bővülése nemzetiségi szempontból is jelentős volt. A német lakosság számának csökkenése nemcsak számarányuk csökkenését jelentette, hanem azt is hogy egy kevésbé kaptak helyet a város vezetésében. 1882-ben az új polgármester, Tomáš Černý beiktatási beszédében már joggal beszélhetett a szláv arany Prágáról. 1885-ben csupán egy német városi tanácsost választottak, aki 1888-ig volt a testület tagja.

1881 jelentős eseménye volt a Nemzeti Színház épületének megnyitása, Smetana a cseh mitológiát feldolgozó Libuše című operájának bemutatójával. A cseh nemzeti mozgalom legendássá vált, közadakozásából felállított épülete a modern cseh nemzeti mozgalom legjelentősebb szimbóluma lett. A Jozef Zítek tervezte neoreneszánsz épületen a nemzeti mozgalom legjelentősebb képzőművészei (többek között Mikoláš Aleš, Josef Václav Myslbek, Václav Brožík) dolgoztak, akiket a Nemzeti Színház generációjának neveznek. Az épület díszei a cseh nemzeti romantika főművében, az ún. Kéziratokban is megjelenített cseh, szláv mitológia elemeit jelenítik meg. A Prága egyik szimbólumává vált épület hírnevét az is emelte, hogy ünnepélyes megnyitása után leégett és 1883-ban, újabb gyűjtést követően nyithatták csak meg ismét.
1882-ben a Műegyetem után a prágai Károly-Ferdinánd Egyetemet is kettéosztották. A prágai cseh tannyelvű egyetem egyre jelentősebb képzési hellyé vált, nem csak a csehek, hanem a Monarchia minden szláv nemzete, mindenekelőtt a szlovákság és a szlovének számára. A század utolsó évtizedeitől meghatározó politikai szerepet játszó, az első világháború csehszlovák emigrációját megszervező és a Csehszlovákiát megalapít Tomáš Garrigue Masaryk az alapítástól, 1882-től volt az egyetem professzora. A cseh egyetem diákjai olyan fontos, a modern cseh értelmiség létrejöttében nagy szerepet játszó szervezeteket hoztak létre a kilencvenes években, mint az Akadémiai Olvasókör, vagy az Slavia Egyesület, de az egyetemhez kötődött Masaryk tanítványi köre is, akik megalapították a Hlas című folyóiratot és a szlovák politika cseh irányultságú, csehszlovakista szárnyának meghatározó tényezői lettek.
A nemzetiségi viszonyok átalakulásával a prágai politikából a cseh és a német elit közötti antagonisztikus ellentét, a cseh társadalmon belüli törésvonalak jelentek meg, az ifjúcsehek és az ócsehek közötti politikai feszültségek váltak fontossá.
A dualista korszak Prága történetének sikeres korszakai közé tartozott. A cseh nemzeti mozgalom az ipari forradalom és a tagolt polgári társadalom kiépülésével korábban elképzelhetetlen sikereket ért el. Prága a birodalom letűnt fényű városából modern cseh metropolisszá vált.

A századforduló végképp átformálta a városképet. Sorra épültek a szecessziós, majd kubista stílusban tervezett reprezentatív középületei, bérházak, a prágai Főpályaudvar, a Reprezentációs Ház (Obecní dům), a Fekete Istenanya Háza. Azt, hogy Prága a cseh nemzet modern fővárosává vált a század első éveiben elkészült emlékművek is jelezték. 1912-ben felavatták František Palacký emlékművét, Josef Václav Myslbek Szent Vencel lovasszobra került 1913-ban a korábbi barokk szobor helyére a Vencel téren és később kiegészült a cseh nemzeti szentek, Szent Ludmilla, Szent Prokopp, Prágai Szent Ágnes és Szent Adalbert szobraival, az Óvárosi téren pedig, máglyahalálának 500. évfordulóján, 1915-ben felállították a Palacký által a cseh nemzeti történelem központi alakjának tekintett Husz János monumentális szecessziós emlékművét.

Mészáros Andor